L’area del parco è caratterizzata da un territorio variato, composto dal rilievo del Monte Canto e dall’altopiano lievemente ondulato del Bedesco. Il Monte Canto, con un dislivello di circa 700 metri, è un monte isolato, in quanto staccato dalla catena delle Prealpi Orobiche, dalla quale è separato dalla Val San Martino di cui fanno parte Pontida e Cisano. È il primo rilievo montuoso che si incontra risalendo dalla pianura Padana.

Le caratteristiche dei suoi versanti sono molto diverse: quello sud ha un’inclinazione più dolce rispetto al versante nord, dove si trovano piccoli valloni e terrazze, spesso dedicati alla viticoltura. La parte occidentale del versante nord include un’ampia valle piatta, orientata in direzione sud-ovest verso nord-est.

Il Bedesco è invece una zona caratterizzata dal terrazzo di Chignolo d’Isola, che si sviluppa a sud del Monte Canto con una forma triangolare e un’altezza di dieci-quindici metri sopra il livello della pianura. È attraversato da piccoli corsi d’acqua a regime torrentizio, principalmente affluenti del fiume Brembo, con l’eccezione del torrente Sonna, che sfocia direttamente nell’Adda. Questo territorio presenta segni di processi geologici antichi, inclusi i depositi glaciali e fluvioglaciali, visibili nelle formazioni moreniche e nei terrazzi glaciali nei pressi di Pontida, oltre a varie cerchie moreniche a Carvico.

La vegetazione del Monte Canto è prevalentemente composta da boschi di castagni sui versanti settentrionali e da robinie e querce sul lato sud, con interruzioni nelle aree abitate e nei vigneti. Gli insediamenti agricoli storici sono disseminati nel parco e si sviluppano intorno a cascine fortificate, risalenti ai secoli XIV e XV, spesso protette da alte mura e occasionalmente dotate di torri.

Lungo le antiche vie di collegamento si trovano piccoli agglomerati abitativi, come il nucleo di Canto, che ha avuto grande importanza in passato grazie alla sua posizione centrale rispetto alle abbazie di San Giacomo a Pontida e Sant’Egidio a Fontanella. Questo borgo oggi appare in stato di abbandono.

La bassa altitudine e l’esposizione ha fatto sì che questi monti diventassero non solo luoghi di esemplare bellezza paesaggistica, ma anche di sacralità, forse proprio per la solitudine geografica che li rende visibili da ogni dove.

Il Monte Canto, chiamato anche il monte dei frati, perché punteggiato di monasteri e chiesuole eremitiche, alcune molto antiche come a Pontida, al Canto Basso e in diversi paesi dei dintorni. Fra questi cenobi anche l’abbazia di S. Egidio di Fontanella, con la sua chiesa romanica, tuttora uno dei più suggestivi dell’intera Lombardia. È l’eremo dove ha vissuto David Maria Turoldo, una delle più alte voci della fede cristiana contemporanea.